子宫内膜薄的原因可以分为全身因素和局部因素，全身的因素有内分泌失调，从上述子宫内膜的变化中来看，激素调节起着非常重要的作用，所以人体内分泌失调会影响体内激素失衡，会影响到雌激素和孕激素分泌，使子宫内膜周期变化紊乱，导致内膜变薄。

局部因素主要是内膜发生损伤，粘连等。也有不少子宫内膜薄的患者是因为早期人工流产，人流刮宫过重或药流可能会引起子宫内膜变薄，人工流产之后没有来月经，就说明子宫内膜已经受损。也有部分患者由于子宫畸形而导致子宫内膜变薄。韵心提醒对于子宫内膜过薄的患者来说，在进行试管婴儿手术前要进行一段时间的休养，子宫内膜厚度达到要求后再进行移植。